מכון העיניים מסונף לאוניברסיטת תל אביב, ומתבצעים בו מחקרים קליניים ופרה-קליניים רבים. במכון פועלים המכון לחקר העין, המעבדה לחדשנות ומחקר בגלאוקומה והמעבדה למחקר וחדשנות בתחומי עיניים ילדים ופזילה. כך מתאפשר קשר הדוק בין מדעני מכון המחקר לבין רופאי העיניים במחלקה הקלינית.